მეცნიერებათა მაგისტრი (ლათინური: მაგისტრი მეცნიერება, MS, MS, MSc, M, Sc., SM, SM, Scm, ან Sc.M.) არის მაგისტრის ხარისხი მეცნიერების სფეროში, ან პირი, რომელსაც აქვს ასეთი ხარისხი. ხელოვნების მაგისტრის ხარისხთან შედარებით, მეცნიერებათა მაგისტრის ხარისხი, როგორც წესი, მეცნიერებაში, საინჟინროსა და მედიცინაში სწავლისთვის არის მინიჭებული და, როგორც წესი, იმ პროგრამებისთვის, რომლებიც უფრო მეტად ორიენტირებულია სამეცნიერო და მათემატიკურ საკითხებზე; თუმცა სხვადასხვა უნივერსიტეტს განსხვავებული კონვენციები აქვს და ასევე შეუძლია ჰუმანიტარულ და სოციალურ მეცნიერებებში არსებულ სფეროებს. მიუხედავად იმისა, რომ საბოლოო ჯამში დამოკიდებულია კონკრეტული პროგრამა, რომელიც იძენს მაგისტრის დოქტორის ხარისხს, ჩვეულებრივ მოიცავს თეზისის წერას.